一是集群优势日益显现。规模以上医药企业发展到108家，产品涵盖中药、西药、原料药、保健品、医疗器械、制药设备等十大门类、千余品种，覆盖了研发、生产、销售、物流等多个环节，形成了较为完整的产业链条。特别是高新区医药工业园区集聚企业40家，主营业务收入占据全市的“半壁江山”，成为产业发展的核心，2009年被批准为第一批省级生物高技术产业基地；2011年入选省级产业集群，被批准为省级优质中成药及抗生素药品生产基地、省创新药物孵化基地；今年又被认定为省新型工业化产业示范基地。

　　二是批骨干企业快速崛起。步长制药、睿鹰制药、方明制药、健民制药、华信制药相继跻身全国或全省医药企业百强。2012年，步长制药位居全国制药企业百强第8位、中药企业第1位， “丹红注射液”销售量突破50亿元，位居全国药品单品种销量第1位；睿鹰制药晋升为全国制药企业百强第80位。

　　三是创新能力不断增强。先后建设了山东省鲁南药物研究院、省创新药物（菏泽）孵化基地、省科学院中试基地、泰山学者工作站等科技研发平台，拥有各类专利102项、药品批准文号570个、药包材文号8个，市级以上高新技术医药企业8家，单产品销售量过亿元的产品13个。