近年来，菏泽市特色产业得到较快发展，形成了一批特色鲜明、集聚度较高、区域拉动力较强的特色产业集群，培育出了新医药、新材料、石油化工、煤炭化工、精细化工、机械电子、纺织服装、食品加工、林木加工10大产业集群和一批特色产业集群及知名龙头企业。规模较大、集中度较高的产业集群主要有东明能源化工、东明新材料、郓城纺织、牡丹区医药、曹县林木、巨野煤化工等。特色鲜明、对区域经济拉动明显的产业集群有定陶生物蛋白肽、成武电工电器、单县玻璃纤维、鄄城人发、鄄城中药材、郓城酒类包装、鄄城冷链食品、沙土农副产品加工、巨野玻璃等。牡丹区医药产业集群形成了从生物制药、医药中间体、原料药、无菌原料药到制剂生产的绿色医药产业链，从中药材种植、饮片加工、制剂生产到市场物流的现代中药产业链。截止2013年，全市重点调度的特色产业年营业收入过20亿元的特色产业镇12个，全市重点调度的年营业收入过20亿元的产业集群达到17个，集群内企业达12700个，从业人员44万人，实现销售收入966亿元，实现利税9.8亿元。全市各类中小企业公共服务平台217个，其中为产业集群内中小企业，产品研发、检验检测、新产品推广等服务的公共技术平台发展到83个，集群内拥有省级以上名牌产品、驰名、著名商标56个。目前我市有郓城纺织、高新区医药、成武电工电器、定陶生物蛋白肽、鄄城冷链食品、曹县林木6个省级中小企业产业集群。